Senaste året har Jordbruksverket lagt ner mycket kraft och pengar på att genomföra EU:s nya jordbrukspolitik. Arbetet som bland anat omfattat nya datasystem har drabbats av förseningar och stora kostnader.
I ett internt PM från Jordbruksverket, som ATL tagit del av, konstateras att underskottet är det största någonsin och att verket måste spara 100 miljoner kronor av den totala förvaltningsbudgeten på 500 miljoner.
Den besparingen kommer man inte att klara av under året.
Ett av skälen till de ökade kostnaderna är att verket fått nya handläggningsuppgifter inom landsbygdsprogrammet.
Jordbruksverkets skulder har ökat kraftigt de senaste åren, skriver ATL, och är nu uppe i 447 miljoner kronor.
Den största andelen är lån från Riksgälden för att finansiera genomförandet av den nya jordbrukspolitiken.
Näringsdepartementet har gett Statskontoret i uppdrag att analysera verksamheten vid Jordbruksverket. Man ska analysera verkets förutsättningar för att utföra sitt uppdrag inom nuvarande ekonomiska ramar och särskilt kostnadsutvecklingen för administrationen av EU-stöden.
Landsbygdsminister Sven-Erik Bucht tonar ner dramatiken och säger till ATL att "det är en sedvanlig myndighetsanalys".
Avrapportering ska ske i november.
På landets länsstyrelser finns en oro för vad besparingarna på Jordbruksverket kan leda till.
ATL skriver att IT-systemet för slutbetalningarna av investeringsstöden inte finns på plats.
– jag utgår ifrån att Jordbruksverket ser över hela sin organisation utifrån var man ska spara pengar så att det i så liten grad som möjligt drabbar lantbrukare och stödmottagare, säger Lars Sandberg, lantbruksansvarig på länsstyrelsen i Jönköping till ATL.
Fotnot: Jordbruksverkets totala budget (omsättning) var 2015, inklusive lämnade bidrag, 10 500 miljoner kronor. Verksamhetens kostnader (exklusive lämnade bidrag) var cirka 1 450 miljoner kronor.