Med bred marginal sade parlamentet på onsdagen ja till jätteavtalet som förhandlats fram sedan 2013.
– Det här är det största bilaterala avtal som någonsin har gjorts: det är 630 miljoner människor, en tredjedel av världens samlade BNP, två av världens absolut största ekonomier som sänder en otroligt stark signal internt till våra företag och konsumenter och ekonomier att vi öppnar upp för varandra, säger Malmström på telefon från Strasbourg.
– Men det sänder också en väldigt stark global signal: att här är vi, vi tror på frihandel, vi tror på rättvis och ömsesidigt gynnsam handel, i en värld där protektionism och ifrågasättande av multilaterala institutioner dominerar.
När väl de sista formaliteterna är klara kan avtalet träda i kraft, sannolikt från den 1 februari 2019.
– För våra företag innebär det att en mängd tullar försvinner – en miljard euro, varje år, säger Malmström, som räknar med stora fördelar för exempelvis svensk träindustri.
– De konsumerar väldigt mycket trä i Japan för de bygger sina hus i trä och de bygger väldigt mycket nytt. Sverige har mycket att vinna på det här, säger handelskommissionären.
EU-parlamentsledamoten Christofer Fjellner (M) håller med.
"Frihandel är avgörande för ett litet och exportberoende land som Sverige. Det här avtalet betyder mer för Sverige än vad många förstår. Det öppnar upp marknader framför allt för skogsindustrin, livsmedelsföretag och verkstadsindustrin", hälsar Fjellner via SMS.
Kollegan Malin Björk (V) är inte lika nöjd.
"Precis som EU:s andra handelsavtal, som till exempel Ceta (med Kanada), så präglas även det här avtalet av storföretagens intressen, på bekostnad av hänsyn till arbetsrätt, miljö och demokrati", skriver Björk i ett uttalande.