Domen säger att danska slakterier felaktigt har tvingats betala utbildningskostnader för inspektörer.
I domskälen skrivs, enligt Agro Europe, att medlemsstater inte har rätt att kräva att livsmedelsföretag betalar "kostnader för den grundläggande utbildningen av offentliga tjänstemän".
Tvingats betala för kontroller
Sedan år 2000 har slakterier i Danmark tvingats att betala inte bara avgifter för kontroll av slakterierna utan även för utbildningen av dessa statliga kontrollanter.
Dessa kontrollanter har en 36 veckor lång utbildning innan de är redo att jobba som inspektörer.
Stämde departementet
2009 stämde danska köttföretagens branschråd danska jordbruksministeriet och hävdade att kostnaderna för utbildning och träning av inspektörer var olagliga.
Fallet fördes vidare till EU-domstolen som nu har kommit med en dom.
EU-domstolen stödjer de danska slakterierna men skriver att det är upp till de danska domstolarna att besluta hur mycket som ska återbetalas.
Sju danska slakterier
Det är oklart hur mycket som ska återbetalas men köttföretagens branschråd menar att det handlar om tiotals miljoner danska kronor.
Branschrådet har agerat på uppdrag av sju danska slakterier, däribland det marknadsledande Danish Crown.