Undantag görs bara för lantbrukare som tar emot mindre belopp, såsom det planerade nya stödet för just småbönder, som ska uppgå till mellan 500 och 1 000 euro årligen.
Totalt kommer cirka en tredjedel av gårdarna att undantas från offentlighetsreglerna, enligt Dacian Ciolos.
Det är för andra gången som kommissionen lanserar regler för öppenhet kring jordbruksstöden. Det förra försöket fick ett snabbt slut sedan tyska bönder vänt sig till domstol. 2010 konstaterade EU-domstolen att publiceringen var kränkande för privatpersoners integritet. Sedan dess offentliggörs bara namnen på jordbruksstöden till juridiska personer.
Skillnaden denna gång är att de minsta gårdarna undgår offentlighet.
Att EU-kommissionen återkommit i ärendet förklarade Dacian Ciolos med att det i tider av hårda neddragningar av många EU-länders budgetar är viktigare än någonsin att informera EU-medborgarna om hur jordbruksstöden spenderas.